Sin duda, uno de los procesos con mayor repercusión -prácticamente un hito- en los que ha participado el observatorio mediante la recopilación de datos es la teoría que señala una expansión acelerada del universo, en lugar de lo lógicamente aceptado, que aunque se expandiera, la velocidad estaba disminuyendo y, en algún momento, el crecimiento del universo se estancaría para hacerse finito e inclusomenguaría (esto último sigue en proceso de estudio). Ya en la segunda década del siglo pasado, los cálculos matemáticos del científico Albert Einstein le llevaron a concluir que el universo no era todo lo estable que parecía ser. Por entonces, aun se pensaba que la Vía Láctea era la única creación existente. Lo único que existía. En 1912 apareció la teoría del desplazamiento al rojo de la luz, de Vesto Slipher, que determinaba ciertas nebulosas se alejaban a una velocidad imposible de retener por nuestra galaxia. Fue el punto de partida que se terminó culminando con el premio Nobel de la Física 2011 a los investigadores estadounidenses Saul Perlmutter, Brian P. Schmidt y Adam G. Riess, quienes basaron parte de sus conclusiones en estudios que se realizaron desde el Observatorio del Calar Alto que versaron, entre otras cosas, sobre las supernovas y sus explosiones, fórmula para medir la expansión. Que el universo se expanda cada vez más rápido, al parecer mediante la fuerza de a energía oscura, supondría un fin entre hielos y, casi con toda seguridad, sin ninguna galaxia que percibir a nuestro alrededor.
De la misma forma, en 1994 se produjo una captación de imagen que raras veces se habían tomado desde cualquier observatorio debido al tamaño de los elementos que entraron en conflicto y aunque fue captado por numerosas lentes, la del Calar Alto ofreció una nitidez sobresaliente. Se trata del impacto El impacto del cometa Shoemaker-Levy-9 con Júpiter, que afectó a áreas del tamaño de la tierra.
Uno de los últimos descubrimientos realizados por el Centro Astronómico Hispano-Alemán fue el planeta de menos tamaño conocido, incluso menor que mercurio, del tamaño de la tierra y similar al de la luna, se encuentra fuera del Sistema Solar pero dentro de la Vía Láctea. Los investigadores se sirvieron de un programa informático específico y de gran complejidad denominado Blender así como otra técnica observacional con el instrumento AstraLux, instalado en el telescopio de 2.2 metros del Observatorio de Calar Alto, que brindó imágenes de muy alta resolución de esta estrella, de calidad similar a las que se pueden obtener con el telescopio espacial Hubble.
Aunque desde la Diputación Provincial de Almería, con las palabras de su presidente Gabriel Amat, que aseguró la continuidad del complejo, la situación se hiciera algo más estable en los últimos días, la situación de este sigue siendo complicada. Los recortes a los que se ve abocado el observatorio que opera el Instituto Max-Planck de Astronomía en Heidelberg (Alemania), y el Instituto de Astrofísica de Andalucía (CSIC) llevarían a un escenario de mínimos "demasiado bajo" que conllevarían, además de la pérdida de empleos sobre una plantilla de aproximadamente medio centenar de trabajadores, la suspensión rotatoria de sus tres singulares telescopios. Al observatorio se le presenta un presupuesto "poco viable" de 1,2 millones de euros tras las minoraciones del socio alemán y los presupuestos del Estado que implicaría una reducción en la oferta de instrumentación, dejar de operar con algunos telescopios y una reducción de personal.
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